阴道血吸虫病是由于血吸虫尾蚴穿过皮肤进入血液，成虫由门脉系统进入盆腔静脉丛时，可感染外阴、阴道和宫颈。另外，血吸虫感染膀胱可累及宫颈和阴道上三分之一。
青春期以后，血吸虫性损害发生在下生殖道，成年人以输尿管、卵巢和子宫更常见。血吸虫毛蚴头腺分泌毒素，引起急性炎性反应。在虫卵周围聚集大量细胞，细胞浸润的中央部分常发生坏死，使局部形成嗜酸性脓肿，继而发生粘膜破溃，有时会在会阴见到瘘管。它的病因通常由皮肤粘膜接触含有血吸虫尾蚴的疫水而受到感染。