新生儿感染支原体需要住院，支原体感染属于呼吸道疾病，因此治疗需要规范、合理，按疗程进行。
要定期复查来检验治疗的效果，从而调整药品的剂量或更换药品，也可以进行药敏实验，然后选择敏感的药物进行治疗。治疗方法可以口服，也可以输液，疗程一般为2-3周，至于具体的方法，要根据临床情况而定。
新生儿的病情变化比较快，如果确定有发热，验血后提示有细菌感染，住院治疗是最好的选择，并且新生儿身体抵抗力很差，稍有一些感染就很容易加重病情，并且导致败血症的可能。所以新生儿感染支原体一定要住院治疗。