一般不会是宫外孕。如果是宫外孕患者一般在怀孕六到八周就会出现腹痛或阴道流血，很少到怀孕三个月才出现肚子疼。
如果想确定是不是宫外孕，最准确的办法就是去医院做彩超看一下，只要宫腔内看到孕囊，就可以排除宫外孕了。怀孕三个月出现肚子疼，有可能是由子宫收缩引起来，可能是其它疾病，阑尾炎、急慢性胃肠炎、卵巢肿瘤、子宫肌瘤变性等导致。
出现这样的情况，一定要及时去医院检查，明确诊断，并且要注意多休息，给予积极的治疗。