肛门长肉芽，需要先到正规医疗机构的肛肠科进行就诊，通过肛门局部检查明确诊断。
排除是不是发生了尖锐湿疣的情况，尖锐湿疣属于性传播疾病，相对危害比较大，会在肛门口的位置形成疣状的凸起，在早期的时候会形成肉芽样的组织。随着体积进一步增大，会呈菜花状，发生溃烂的情况下，会出现局部的恶臭，引起肛门局部的潮湿、瘙痒等症状，而且还可能会传染给性伴侣。所以，要及时通过烧灼，或者冷冻的方式去除。
另外，肛门长肉芽，也不排除是有陈旧性肛裂的存在，伴随哨兵性外痔生长。在早期的时候，一般会在裂口的外缘，形成肉芽样的组织。