阵发性心房颤动的发病原因比较多，根据心房颤动的类型不同，原因有不同。
第一，特发性心房颤动。这种心房颤动正规的检查超声心动图以及心脏CT都是正常，没有明确的器质性疾病引起，可能和不良的生活习惯有关系。此外，年龄的增长是这类心房颤动发生的重要原因，这种心房颤动多见于老年人。
第二，病因明确的心房颤动。其中最常见的是器质性心脏疾病引起心房颤动，比如二尖瓣狭窄常常合并心房颤动发生，心肌病以及高血压疾病都会引起心房颤动阵发性发作。此外，甲状腺功能亢进现象也常常引起心房颤动发生。