小儿先天性睾丸发育不全如果存在隐睾，是需要手术治疗的。
手术治疗的目的是防止睾丸发生癌变，因为隐睾的患者发生睾丸癌的几率要比正常人高很多。且睾丸位于腹股沟，如不手术治疗固定于阴囊，其精子的存活率也明显降低，使成年后发生不育。
大部分小儿先天性睾丸发育不全的患者是不需要手术治疗的。可采用口服睾酮制剂，或者肌注庚酸睾酮制剂，以维持体内的雄激素水平，从而维持男性第二性征，减轻患者的痛苦，增强患者的自信心。这中情况建议去正规医院泌尿外科就诊，在专科医生的指导下给予进一步的诊治，不要过于担心。