颅底肿瘤切除的过程中，可能会对患者的脑组织造成永久性的损伤，患者可以出现神经功能缺失的症状。
肿瘤切除后局部组织在修复的过程中会形成瘢痕，瘢痕组织会对脑组织造成刺激，导致患者出现癫痫的症状。
有些患者手术后可能会导致脑脊液的循环压力增加，患者可以出现脑积水，颅内的压力升高，可以导致患者出现头痛的症状，严重的可以发生脑疝。有些患者手术后由于脑组织损伤严重，可以导致患者的记忆里下降。
以上是颅底肿瘤手术后所见的一些后遗症。