呼吸道反复感染的危害众多，因呼吸道感染的部位不同，其危害也稍有不同。
例如反复发生上呼吸道感染的患者，有可能继发慢性咽喉炎、扁桃体炎、鼻窦炎等，有时还可因此导致中耳炎的发生。部分患者因反复的上呼吸道感染，还可导致风湿性心脏病、肾炎等疾病。对于反复下呼吸道感染的患者，其肺炎的发病率明显增多，部分患者还因此形成慢性呼吸道疾病，例如慢性支气管炎、慢阻肺的形成。如果病情继续进展，还可以产生肺心病、慢性呼吸衰竭等严重的并发症。
此外，反复发生呼吸道病毒感染，还有可能增加肺部恶性肿瘤的几率，例如反复EB病毒感染呼吸道时，有可能会增加淋巴瘤的发病率。还要注意反复呼吸道感染，还可使患者机体免疫力和抵抗力下降，进而亦增加了呼吸道感染的发病率。