肛瘘后肛门失禁是术后最严重的并发症，可能是炎症或者是肛管损伤引起。
如果直肠的感觉机制存在、肛门功能正常、肛门直肠环完整、肛门可以保持自控能力,就可能是炎症引起的，可以口服一些抗炎药物治疗，一般很快就会好转。
如果肛瘘手术损伤肛肠环，引起不同程度的肛门失禁，轻度肛门失禁，可以调整饮食，锻炼会阴部肌肉，使症状得以改善，并可以口服一些促排便的药物，如果是严重的肛门失禁的话，就需要进行手术治疗了。