对于比较小的囊肿，无明显症状者，不需要特殊治疗，定期复查即可。囊肿比较大，患者有明显症状出现，可以进行手术治疗。
患有食管囊肿后具体治疗方法主要与囊肿大小、患者所出现的症状及邻近器官是否有损伤等有一定关系。食管囊肿多是由于先天性发育异常所导致，但也可能是由于长时间的某些原因刺激导致的囊性病变。
囊肿比较小时患者无明显症状，囊肿比较大有可能会出现呼吸困难、吞咽困难、囊肿破裂出血等症状。而食管囊肿多属于一种良性肿瘤，经过积极治疗后预后良好。