直肠管状绒毛状腺瘤的治疗方法是手术切除。手术切除的方式主要根据肿瘤的大小、与肛门的位置以及是否恶变决定。
一般如果位置距离肛门位置相对近，肿瘤大小＜1cm，或者带蒂的直肠绒毛状管状腺瘤，通常采用内镜下切除；如果肿瘤大小＞2cm，内镜下切除困难或者是有穿孔，出血风险大时，需要进行腹腔镜下的手术切除。
如果位置距离肛门位置相对远，通常采用经肛门三叶镜切除肿瘤至基底部，同时送病理检查。再根据病理结果是否有恶变，决定是否需行恶性肿瘤根治手术。