鳃裂囊肿和瘘管要检查的有面颈部专科检查、病理检查、影像学检查以及穿刺检查。
面颈部专科检查主要是通过视诊、触诊、扪诊来进行初步诊断的，病理检查主要是利用细针进行穿刺吸取活检，可用来明确诊断，X线检查主要是用来明确瘘道的位置，以及走行方向的，而B超检查主要是用来明确囊肿的位置以及大小的，穿刺检查的目的是用来判断囊肿的性质。
鳃裂囊肿和瘘管主要是由于在胚胎发育过程中，鳃裂未完全消失造成的，一旦确诊后，需要及早进行手术切除，以防其发生癌变。