对于慢性淋菌性精囊炎并发症主要有三方面，一是导致患者出现其他部位生殖系统的炎症，二是引起女性妇科疾病，三是导致患者不孕不育。
因为对于淋球菌感染导致精囊炎，那么同时从精囊出来的淋球菌还会引起前列腺以及男性附睾、睾丸、尿道的感染，因此会导致疾病迁延、播散。
同时，由于不洁的性生活没有及时注意，那么由于男性患有淋病奈瑟菌精囊炎，可以在射精时进入女性阴道、子宫，从而导致女性妇科疾病以及子宫附件受到淋球菌的感染。
同时，由于淋球菌感染，男性和女性会导致精子卵子质量下降，严重时，会导致患者不孕不育，这些都是慢性淋菌性精囊炎产生的并发症。