阴茎结核这种疾病是由阴茎直接接触结核病或泌尿生殖系其他部位的结核病史。阴茎无痛性结节及多发性溃疡的临床症状和体征，结合涂片或活检就可以明确诊断本病，但是值得注意的是阴茎结核发病率虽然很低，但是误诊率是相对较高的，应该与以下几种疾病相鉴别:
第一，阴茎癌。症状相似，通过做病理活检，可以明确诊断阴茎癌。
二，坏死性阴茎龟头炎。这种类型的疾病可以通过做检查和抗生素治疗，可以得到缓解。
三，软下疳。可以是多丽白杆菌造成的，通过检查可以明确鉴别诊断。
第四，阴茎阿米巴病。这种病可以查到阿米巴原虫，是可以明确鉴别诊断的。