血液查幽门螺杆菌，一般提示感染过幽门螺杆菌。如果以前没有根除过幽门螺杆菌，查出抗体阳性时，一般也可以直接根除幽门螺杆菌治疗。尤其是有消化道出血等不适合查尿素呼吸试验，或快速尿素酶试验的患者。
如果之前根除过幽门螺杆菌治疗，抽血化验幽门螺杆菌一般不准确，此时抗体阳性不能代表幽门螺杆菌现症感染。这种情况，建议做碳13或碳14呼气试验，而且做呼气试验时，必须保证已经停用抑酸药、消炎药4周以上，否则可能会出现假阴性。
如果呼吸试验仍然阳性，需要更换方案继续根除幽门螺杆菌治疗，更换方案需要选择与原来方案不同的药物治疗。