窦道和肛瘘的区别主要有以下几个：
首先，窦道可以发生在身体的任何部位，例如肠瘘的患者会在肠道和腹壁之间形成相通的窦道，肠道与肠道之间也会形成窦道，腹腔内的空腔脏器之间也会因为各种疾病原因形成窦道。而肛瘘一般是发生在肛门周围的感染性窦道，肛瘘的内口位于肛隐窝或者直肠，所以可以认为肛瘘的瘘管是属于窦道的一种。
其次，对于一些没有持续感染源的窦道，可以通过换药、清创等保守治疗方法使窦道愈合，而肛瘘由于存在有内口，直肠内的感染会持续不断地污染肛瘘瘘管，所以肛瘘都需要通过手术治疗才能治愈。