卵巢巧克力囊肿是因子宫内膜组织生长在卵巢里面，正常的子宫内膜会发生周期性改变，会使每月月经来潮。
卵巢内的子宫内膜也会随月经周期发生周期性变化，异位在卵巢内的内膜也会发生周期性的出血，反复发生，所以导致卵巢内积血逐渐增多，血液就会经过长久积聚，液体会逐渐的吸收，从而变成稠厚，陈旧的血就好像巧克力一样，所以叫卵巢巧克力囊肿。
卵巢巧克力囊肿是因异位在卵巢的粘膜组织引起的囊肿，所以一般会出现周期性腹痛等不适症状，因随月经周期变化，一般巧克力囊肿会逐渐增大，等增大到一定程度的时候，囊腔压力大时，巧克力囊肿会自发破裂，引起盆腔甚至腹腔子宫内膜异位病灶的发生，而且巧克力囊肿容易导致不孕，一般都建议予以药物治疗或手术治疗。