鼻中隔偏曲术后头疼主要是由以下因素引起的：
第一，鼻腔填塞物阻塞造成的鼻塞、鼻堵、鼻腔通气不畅，需要张口呼吸，由此会引起慢性缺氧，加之鼻腔填塞物填塞鼻腔，会引起反射性头疼。一般这种疼痛等到鼻腔填塞物撤出以后，疼痛自然就能缓解，基本上没有特殊治疗。
第二，鼻中隔手术以后可能会引起血肿，甚至脓肿，这种情况会引起鼻中隔的出血，以及鼻中隔黏膜末梢的神经反射从而引起头痛。这种头痛需要在止痛药物的治疗的同时直接给予鼻中隔血肿的抽液治疗，并且积极地选用敏感抗生素，抗感染治疗，多数患者血肿或者是脓肿控制以后头痛自然缓解。