扁平苔藓自愈的时间不一致，常见的影响其愈合的因素有部位、疾病类型以及全身营养状况。
一般的扁平苔癣患者在9个月内自愈，约85%扁平苔癣患者愈合的期间是1年半，少数扁平苔藓可以在数周内愈合。另外也有个别特殊的患者2年或者20年以上才能愈合。
黏膜类型的扁平苔癣自愈的时间需要比较长，5年内愈合的扁平苔藓概率约为3%，也有治疗后已经愈合好的扁平苔癣会复发可能性。