肛门长肉瘤可能是肛乳头瘤、皮脂腺囊肿、皮下脂肪瘤等原因引起。
肛乳头瘤的形成是由于肛乳头部位，长期受到慢性的炎症刺激，造成局部的组织纤维化增生，最终形成肉瘤。严重时会脱出肛门，形成一个肉团，压迫肛门引起疼痛。也可能是皮脂腺囊肿，是由于肛门局部的皮肤皮脂腺发生堵塞，分泌物不能排除发生潴留，从而形成一个囊肿肉瘤样，合并感染时会引起疼痛。
也不排除是皮下脂肪瘤，是由于皮下的脂肪成熟细胞堆积形成，不会引起疼痛。如果比较大时，会压迫局部的神经，也有可能会造成疼痛。