肾囊肿体积比较小的时候一般没有任何临床症状。
当囊肿增大压迫肾实质和周围组织时可以出现：
一、血尿。出血的原因是囊壁下方有许多动脉，由于压力增加或合并感染，可以使囊壁血管因过度牵拉而出现破裂出血。
二、肾功能减退。由于囊肿占位压迫，使正常肾组织显著减少，肾功能逐渐减退。
三、高血压。囊肿压迫造成肾缺血，使肾素分泌增多，引起高血压。
四、蛋白尿。一般量不大，24小时尿蛋白定量一般不超过2g。
五、腰腹部疼痛不适。主要是因为肾脏肿大，使肾包膜张力增大，肾蒂受到牵拉，或者使邻近器官受压引起。