小儿肠炎可以从大便的性状伴随的症状，以及大便检验的结果来区分是细菌性还是病毒性。
细菌性的肠炎大多数都会有一些脓血便，大便比较腥臭，大便会有里急后重的症状。细菌感染的肠炎有腹痛，比较明显，除了霍乱杆菌会引起水样便、米汤样便以外，大多数的大便以脓血便和粘液便为主，大便的检查为脓细胞和红细胞比较多。
病毒性的肠炎主要有一些季节性，以水样便为主，也可以伴随有腹痛、腹泻、呕吐的症状。大便以稀水、蛋花汤样便比较多，容易引起脱水，而且大便的检查大多数白细胞很少，可以在大便中检测到病原体，也可以有一些脂肪球伴随。