导致睾丸畸形的疾病较多，不同疾病的治疗方法和治疗方式也是不相同的，并不是所有的睾丸畸形患者都需要做手术。
如果是隐睾患者，如果在2岁时隐睾仍然未能降至阴囊内，此时是需要进行手术治疗的。隐睾手术的时机越晚对睾丸损伤的可能性就会越大，在7岁后手术的患者，睾丸恶变的几率大大增加。
无睾症的患者一般不需要进行手术治疗，如果患者要求强烈，因为双侧无睾，患者可以在成年后行睾丸移植手术。多睾症和睾丸融合的患者，如果没有睾丸萎缩及恶变等情况发生，通常也是不需要进行手术治疗的。