结肠瘘的后遗症主要有水电解质平衡紊乱和腹膜炎的产生，以及患者晚期会出现营养不良、结肠瘘分为内瘘和外瘘，内瘘主要是通向腹腔内空腔脏器或者腹膜后器官。肠外瘘主要是通向体表外面，如果肠瘘进入到泌尿系统，如输尿管当中，那么在尿液当中可能会见到结肠的大便排出，如果是通道子宫当中那么女性阴道会出现有大便排出，对于此类这都属于结肠瘘的后遗症。
如果是瘘到外边，一般诊断较为容易，可以看到皮肤体表的瘘口有结肠内肠液和大便流出，这些都属于其后遗症，如果长期没有去普外科进行手术治愈。会导致晚期水电解质平衡紊乱以及腹膜炎和营养不良的产生。