脑膜炎治好后遗留的后遗症跟病原体相关。病毒性脑膜炎预后很好，很少遗留后遗症，少部分转化为慢病毒则会出现智能障碍、癫痫发作。
细菌性脑膜炎及结核性脑膜炎遗留后遗症概率较高，可遗留智力减退、癫痫、脑积水。主要因颅底炎性渗出的刺激、粘连和压迫可以导致颅神经损害，从而会出现视力减退、复视、面神经麻痹、脑积水、智力下降、痴呆、癫痫发作、偏瘫、交叉瘫、行走不稳、小便失禁等表现。
总体来说，脑膜炎治好后遗留的后遗症表现跟感染病原体，以及治疗效果相关。