尿道结石一般不需要进行手术治疗，因为在手术治疗后有可能会造成尿道狭窄。
如果尿道结石无法自动排出，并且位于前尿道部位，可以对阴茎根部进行麻醉，然后向尿道内注射无菌石蜡油，向尿道远端进行推挤，然后使用专业的工具将之取出。在必要时还可以进行输尿管镜下碎石术。
如果是后尿道的结石，结石直径较小，在注射完无菌石蜡油后，多饮水、多排尿将结石冲出。如果无法将结石冲出，可以在麻醉状态下使用尿管将结石推入进膀胱内，然后进行膀胱结石的腔内治疗。