肾区疼痛要做血常规、尿常规、肾功能、肝功能、泌尿系彩超、泌尿系CT、24小时尿蛋白定量测定等检查来协助诊断，有时需要做肝、胆、胰、脾腹部彩超和腹部CT等检查来帮助鉴别诊断。
临床需要结合患者的既往史、家族史、性别、年龄、临床诱因、主要症状、伴随症状等来综合分析。
对于肾区疼痛，如果是泌尿系结石引起，应根据结石的大小、部位，采取药物治疗、手术治疗或者体外冲击波碎石，并且应用有效抗生素抗感染治疗，嘱患者多饮水加快病情恢复。