扁桃体结石是否需要做手术进行清除，需要根据结石的大小，以及保守治疗的效果来判断。
如果扁桃体部位仅是出现了个别的较小的结石，可以首先尝试在医院的耳鼻喉科，由医生使用专业的刮痧或者是镊子将结石取出。如果结石与扁桃体黏膜表面结合的比较牢固，还可以尝试通过负压吸引的方式将其吸出。但如果此类治疗效果无效或者是扁桃体上的结石比较大，就需要通过手术的方式将扁桃体黏膜进行切开，将结石取出。
对于较为顽固的扁桃体结石，则还可能需要进行整体扁桃体的切除治疗。