皮肤囊肿和毛囊炎的区别有很多。从发病原因角度考虑，皮肤囊肿是由于某些因素引发局部组织出现了一些异常的增生从而形成。而毛囊炎则是由于毛囊内部厌氧菌大量繁殖，而引发的一种炎性改变。
而从临床症状角度考虑，皮肤囊肿会形成凸起于皮肤的丘疹或者结节样变化，局部皮肤虽然会有增生。但是按压之后，一般不会出现明显的疼痛，出现水肿或血肿的概率也相对较低。而毛囊炎则是在皮肤表面出现一些炎性丘疹，这些炎性丘疹触碰之后一般会伴随着明显的疼痛。
而治疗角度，皮肤囊肿建议手术，而毛囊炎建议选择使用一些抗生素类的药物进行对症治疗。