小肠CT和小肠镜的检查方式不同。
小肠CT使用CT扫描的方式对小肠进行检查，对于小肠的占位性病变能够进行诊断，但是不能直接观察肠黏膜的病变。小肠镜的检查是用内镜直接对肠黏膜进行观察，能够了解小肠黏膜的直接变化，同时还可以取得病变部位的组织进行活检。
小肠CT属于宏观的检查方式，能够发现比较大的病变，同时可以了解病变组织和周围组织的关系。小肠镜属于更加仔细的检查，能够对小肠黏膜进行仔细的观察，而且通过组织学活检可以确定病变部位的性质。
两种检查方法各有利弊，临床上可以同时进行检查，更好地对病变进行诊断。