常见的肠系膜裂孔疝的病因有以下几种：
第一，小肠系膜可能存在着先天性的缺损和裂孔，或者有时候是因为横结肠系膜缺损引起；在发病过程中小肠袢穿过小肠系膜和横结肠系膜上的先天性缺孔，导致小肠出现了梗阻或嵌顿的情况，导致肠系膜裂孔疝。
第二，有些胎儿或者新生儿出现肠管缺血，也可能是因为先天性的肠系膜缺损造成，这种情况多见于肠管闭锁的婴儿。
此外，肠系膜裂孔疝的其他病因尚不十分清楚。但是随着医学的发展，相信会逐渐明确。