腱鞘囊肿是容易出现复发的。腱鞘囊肿是一种劳损性的疾病，并没有完整的包膜，基底往往与肌腱是相连的，采取穿刺抽液或者进行手术切除，很难能够彻底地治愈，存在着一定的复发率；尤其长期从事重体力劳动的人群，更容易引起肌腱受到反复牵拉导致复发。
所以，在腱鞘囊肿治疗以后，主要还是以减少体力劳动为主，多注意休息，尤其是一些反复的手指或手腕的活动，以防止局部的肌腱出现渗出性的改变。另外，在治疗的过程中，应该根据腱鞘囊肿的程度和类型，进行彻底的切除。
如果腱鞘囊肿与关节间隙相通，可以采取手术封闭通道，也可以有效地减少复发率。