吃小檗碱并不会导致大便变绿色。
虽然小檗碱服用后有可能造成大便颜色改变，可有大便染色现象，但一般会偏黄，颜色不会很深。而大便呈现为偏绿色或者墨绿色改变，应考虑为其他因素所致，比如近期食用较多的绿叶蔬菜，因其中含有较多的叶绿素，会使大便颜色变绿。还有可能是吃了较多的动物血制品或者动物肝脏类食物，也会使大便颜色较深，可呈现为墨绿色或黑色。
除此之外，大便颜色偏绿发黑还要警惕有可能和潜血原因有关，所以建议还是应该去医院做大便常规和潜血方面的检查，以排除这类病理性因素。