卵巢囊肿部分会影响月经周期。有15%~30%的卵巢子宫内膜异位囊肿，会出现月经的改变。主要表现为经量增多、经期延长或月经淋漓不尽，或经前期点滴出血。主要是与卵巢囊肿引起的无排卵、黄体功能不足有关系。
此外，卵巢颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤会产生较高水平的雌激素，可促进子宫内膜的增生，会影响月经周期。浆液性、粘液性囊腺瘤或勃勒纳瘤，有时也可分泌一定量的雌激素，影响月经周期。这些卵巢囊肿都属于病理性的囊肿，需要通过手术来治疗。