周期式内斜视目前没有明确的病因。只是根据临床的经验有一些参考的因素：
1.融合机制失调。
2.大脑优势。
3.生物钟机制。
4.眼球运动中枢控制失调。
因为周期性内斜视的患儿大部分有不同程度的远视，然后远视总是需要调节，相对应就会增加辐辏作用，眼球就容易向内偏斜。所以出现显性的斜视之前可能就存在内隐斜的情况，然后因为外融合力控制，眼位就不发生偏斜。
但是又由于某种原因，外融合力对内隐斜控制失调，继而出现恒定性斜视或者是隔日性斜视。大脑优势学说没有被证明，所以只供参考。有部分学者认为周期性内斜视与机体生物钟障碍有一定的关系。