肝囊肿有先天性的原因和后天性的原因。
先天性的原因有遗传性因素，这里专指多发性肝囊肿，它是染色体异常的显性遗传病。而单发性的肝囊肿是由于胚胎时期肝内胆管发育不良所导致。
对于后天性肝囊肿，主要是肝脏受到炎症、肿、创伤等因素导致肝脏组织出现囊泡样的改变。
对于肝囊肿平时一般不需要特殊处理，如果出现了压迫症状或者肝囊肿体积较大，直径大于5cm，有自发性破裂的风险，则需要进行手术治疗，将肝囊肿祛除。