消化不良会引起便秘，但是便秘不一定就是消化不良造成的。
导致便秘的原因有多种，包括功能性便秘和器质性便秘。功能性便秘是由于饮食结构不均衡，蔬菜水果吃得较少、喝水过少、肠道蠕动减慢、粪便滞留在肠道中时间长，水份被吸收导致粪便干结、坚硬引起便秘。精神过于紧张、焦虑、熬夜，也会导致胃肠功能紊乱，引起便秘。消化不良的患者，由于胃肠道蠕动功能出现异常，也会导致便秘。
肛门括约肌痉挛、痔疮、肛裂、肛周脓肿、肠梗阻、肠癌，这些疾病也会导致粪便排出困难，引起便秘。