小儿甲状舌管囊肿通常是不会出现癌变的。但如果迟迟不进行治疗，甲状舌管囊肿可能会合并感染，并导致甲状腺舌管瘘的形成。
甲状舌管瘘形成后，如果长期不进行治疗是有可能会发生癌变的，因此一旦患有甲状舌管囊肿后，应及早进行治疗。
甲状舌管囊肿的治疗主要以手术为主，如果患儿已经出现了合并感染的情况，应先控制感染。对于有些患者可能不适合做手术，可考虑进行硬化治疗，但是硬化治疗不如手术治疗效果好，患儿日后可能会复发。