脂肪肝肝功能异常意味着形成了脂肪性肝炎，需要立刻予以护肝降酶治疗，以免引起脂肪性肝硬化。
脂肪肝护肝降酶治疗中比较常见的是甘草酸制剂，如复方甘草酸苷片、异甘草酸镁片等，这类药具有类似激素样作用，能够抑制肝脏细胞炎症，使肝功能下降。还可以服用肝细胞膜保护剂，如多烯磷脂酰胆碱等。
此外，由于脂肪具有强氧化性，所以可以使用还原类护肝药物，如还原型谷胱甘肽，对治疗脂肪肝效果比较明显。另外还可以使用维生素E、维生素C等保护肝脏。