早晨醒来的时候小腹部会痛，有可能是胃肠道功能紊乱或者是小肠发生痉挛引起的。也有可能是在患者夜间睡眠的时候，腹部受凉所导致的小腹部疼痛。所以建议患者可以到医院进行检查，排除腹腔内部的一些其他的病因。建议患者要注意保暖，必要的时候可以用一些中成药调理。
另外，也有可能是患者小腹部出现一些病变所导致的，比如有炎症或者是有肿块、有肿瘤等，所以就会引起局部的疼痛感。
建议患者可以做腹盆腔的超声或者CT检查，初步地判断病因，必要的时候也可以做肠镜检查，来进一步确诊肠道内部是否有炎症或者肿瘤性的病变。