食管结核确诊后应首选正规抗结核药物治疗，其治疗效果良好，一般不需要手术治疗。对于单纯食管旁淋巴结结核压迫食管的病人，也可仅给予抗结核治疗。
1.原发病灶的治疗，抗结核化疗适用于各型食管结核，但必须首先加强对肺结核或其它部位结核病灶的治疗。
2.食管扩张，对于严重的增殖型食管结核，伴有食管腔瘢痕性狭窄的病例，在抗结核化疗的条件下，可进行食管扩张治疗。食管扩张治疗的远期疗效目前尚难肯定，有待于进一步总结经验。对于非手术治疗难以缓解的食管梗阻症状的病例，应考虑手术治疗。