饮食疗法。鼓励慢性菌痢患者正常进食。要求饮食高热量、高蛋白、低乳糖、低于渗透压、注意补充维生素a及叶酸。小米汤有益于治疗腹泻。同时吃米饭也可以帮助粪便成型，并提供维生素b。
抗菌治疗。对于大便培养志贺菌阳性者需要抗菌药物治疗。药物同急性菌痢一样，疗程7天。停用抗菌药物后，观察大便培养隔日一次。两次阴性，抗菌药物治疗结束，同时调理胃肠道的功能。
中医中药治疗。慢性菌痢多为脾肾阳虚兼大肠湿热，治则上为健脾补肾活血兼清湿热。如疗效明显常见中药：菌痢凉血汤。针灸疗法可以针刺足三里、天枢等穴位，艾灸，可以艾灸神阙、长强穴等穴位。
慢性菌痢拉肚子期间不以为家人做饭烧菜，应直到症状消除为止。大便后要记得将手洗干净，以免传染病菌给他人。