基质性角膜炎与单纯疱疹病毒性角膜炎都是眼科常见疾病，但是两者是有区别的。单纯疱疹病毒性角膜炎是由于单纯疱疹病毒感染角膜而形成的炎症，炎症发生的原因是由于病毒直接破坏角膜组织而引起，主要的表现是眼睛充血、发红、刺痛、异物感、怕光、流泪、不愿意睁眼、视力下降等。
角膜病灶形态以树枝状或地图状的浸润为主，基质性角膜炎则是由于病毒感染角膜后在角膜基质中形成免疫反应而引起的炎症。患者主要的症状是眼睛充血、发红、视力下降。病灶的特点为角膜基质中出现圆盘状的浑浊与水肿。因此基质性角膜炎与单纯疱疹病毒性角膜炎在发病原因、症状、以及病灶形态上都是有明显差异的。