化脓性食管炎主要包括真菌性食管炎、病毒性食管炎、细菌性食管炎。真菌性食管炎中的念珠菌感染以及细菌性食管炎是可以应用抗生素治疗的，而病毒性食管炎是应用抗病毒的药物，并不给予抗生素治疗，所以患了性食管炎首先要明确具体的病因，如果是需要应用抗生素的，才给予消炎药物治疗。
抗真菌药物主要是氟康唑，氟康唑是治疗念珠菌感染的化脓性食管炎的首选药物。但是氟康唑耐药的现象也很普遍。如果出现耐药可以应用伊曲康唑、伏立康唑等等作为替代药物使用，如果是细菌性食管炎可以给予消炎药物治疗。