婴儿腹泻的病因分为体质因素和感染因素。体质因素有胃肠道发育不成熟，酶的活性较低，但营养需要相对地多，胃肠道负担重。易患佝偻病和营养不良，易致消化功能紊乱。神经、内分泌、循环系统及肝、肾功能发育均未成熟，调节机能较差。细胞外液占比例较高，水分代谢旺盛，调节功能差，较易发生体液、电解质紊乱。 免疫功能不完善，容易感染。
感染因素有消化道外感染，常见于中耳炎、咽炎、肺炎、泌尿道感染和皮肤感染等，年龄越小者越多见。长期较大量地应用广谱抗生素，直接刺激肠道或刺激植物神经引起肠蠕动增快、葡萄糖吸收减少、双糖酶活性降低而发生腹泻外，甚至引起肠道菌群紊乱等。