乙型病毒性肝炎有不少后遗症，比较常见的有：
第一，肝硬化。肝硬化是因为乙肝病毒未完全控制，其反复活动造成肝脏持续炎症，最终导致肝脏结构紊乱形成肝硬化，这是乙型病毒性肝炎最常见的后遗症。肝硬化可引起上消化道出血、肝腹水、肝昏迷、自发性腹膜炎等多种严重并发症，危及生命。
第二，乙型病毒性肝炎患肝癌的几率要远远高于正常人。因为乙肝病毒的始动因素是肝细胞在复制的时候出现DNA的错配，导致肝细胞癌变，这是乙型病毒性肝炎最严重的后遗症。
第三，乙肝相关性肾炎。乙肝病毒可以在肾小球及肾小管内形成抗原抗体复合物，沉积于肾小球内，引起乙肝相关性肾炎，造成蛋白尿、血尿等表现，甚至到后期出现肾功能衰竭等。