根据肾结石的大小、密度、肾积水等情况可选择输尿管软镜碎石取石术和经皮肾镜碎石取石术两种微创手术方式。现在还有很多医院联合应用这两种手术方式来治疗一些相对复杂的肾结石，效果良好。
通常情况下输尿管软镜碎石取石术的适应症，是结石在两厘米以内，肾积水不重，结石的CT值不超过一千的病人。
输尿管软镜手术单侧单次的费用大概需要两到三万，而经皮肾镜取石手术适应症更广一些，它对于结石的大小、密度及肾积水的程度没有特殊的要求，所以临床应用比较广泛，经皮肾镜的手术单侧单次费用大概需要三万。