肾结石的手术方式选择可以根据肾结石的体积、密度、部位以及引起的症状不同而选择不同的方式来治疗肾结石。
对于体积在2厘米以下的引起了肾积水的肾结石，如果结石的CT值密度在1200以下，可以选择输尿管软镜手术，用激光将结石粉碎。如果肾结石位于肾下盏，而输尿管软镜无法碎石，此时可选用经皮肾镜下肾结石钬激光碎石治疗。
当结石的密度较高，并且结实石的体积超过2厘米或复杂性结石，此时可用经皮肾镜手术，并且可能需多通道、多次手术治疗。此外还可行肾脏切开取石，但因创伤较大，尽量避免。