巧克力囊肿主要有西药治疗、手术治疗、中医治疗技术等方法。药物治疗是抑制雌激素合成，促使异位种植的子宫内膜萎缩，或者切断对下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激出血周期.
对于较大的巧克力囊肿，不可采用性激素治疗。腹腔镜手术治疗内异症，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症在卵巢上，患者会出现痛经、持续性下腹疼痛、月经不调、不孕、性交痛等病症。
近年来对巧克力囊肿治疗有新的进展，可以使用无痛可视针吸抽液治疗法，是一种最先进、治疗方法最好。不会导致复发，不影响卵巢功能的治疗方法。