隐孢子虫病的治疗主要包括三个方面：
第一，饮食。隐孢子虫病的发生和免疫力低下有关，饮食上要注意增加营养，要给予患者高热量、高蛋白质、高维生素的食物，同时要避免进食辛辣的食物。
第二，支持治疗。患者感染隐孢子虫病后可以导致腹痛、腹泻的症状，患者体内的水和电解质会大量的丢失，甚至会出现严重的脱水，要及时的补充水、电解质，并定期监测。
第三，抗感染治疗。主要给予抗生素，比如螺旋霉素、阿奇霉素。此病属于肠道传染病，要适当的做好隔离。